Ni arpenteur, ni métreur vont bien dans le contexte donné. L'arpenteur et le géomètre s'occupent de la terre et le métreur des bâtiments.

Un hydrographe est un spécialiste de l'hydrographie.

L'hydrographe peut designer soit :

un expert pour cartographier, calculer les débits des eaux océaniques, fluviales ou continentales ;
un expert pour la mesure des fonds marins, des courants et marées.
Hydrographie maritime Modifier

Le rôle de l'hydrographe est de décrire et d'expliquer les caractéristiques concernant les fonds marins et les objets attenants, ainsi que des aides à la navigation. Il a recours à des techniques de télédétection (images de la Terre fournies par satellite, photographie aérienne ou laser aéroporté)ou de mesures par des moyens maritimes (sondeurs, sonars). Pour cela il se sert d'instruments électroniques sophistiqués pour obtenir toute l´information nécessaire à la préparation de cartes marines (rives, cours d'eau, fonds marins, marées, courants,..) et de documents nautiques et océanographiques. Il doit également pouvoir localiser la position précise en mer de balises, de plates-formes, de forages, ou autres éléments de surfaces, ou des amers. Il exécute des campagnes de mesures en mer (profondeur, marées, courants, température, et degrés de salinité, la nature du fond, le champ de pesanteur, le champ magnétique...). Il est à la fois un marin, embarquant à bord d'embarcations gréées pour l'hydrographie mais aussi un technicien, qui sous la direction d'ingénieurs, prépare les opérations de mesures à la mer et sur le terrain, conduit les travaux correspondants et assure le traitement et la mise en forme des données recueillies.
https://fr.m.wikipedia.org/wiki/Hydrographe

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Note added at 14 hrs (2017-03-09 10:30:10 GMT)
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Hydrography is the branch of applied sciences which deals with the measurement and description of the physical features of oceans, seas, coastal areas, lakes and rivers, as well as with the prediction of their change over time, for the primary purpose of safety of navigation and in support of all other marine activities, including economic development, security and defence, scientific research, and environmental protection.[1]
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Alexander Dalrymple, the first Hydrographer of the Navy in the United Kingdom, appointed in 1795.
https://en.wikipedia.org/wiki/Hydrography

Bathymetry is the study of underwater depth of lake or ocean floors. In other words, bathymetry is the underwater equivalent to hypsometry or topography. The name comes from Greek βαθύς (bathus), "deep",[1] and μέτρον (metron), "measure".[2] Bathymetric (or hydrographic) charts are typically produced to support safety of surface or sub-surface navigation, and usually show seafloor relief or terrain as contour lines (called depth contours or isobaths) and selected depths (soundings), and typically also provide surface navigational information.
https://en.wikipedia.org/wiki/Bathymetry

To distinguish from “surveyor”:

Surveying or land surveying is the technique, profession, and science of determining the terrestrial or three-dimensional position of points and the distances and angles between them. A land surveying professional is called a land surveyor. These points are usually on the surface of the Earth, and they are often used to establish land maps and boundaries for ownership, locations like building corners or the surface location of subsurface features, or other purposes required by government or civil law, such as property sales.
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Types of surveys
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• Hydrographic survey: a survey conducted with the purpose of mapping the shoreline and bed of a body of water. Used for navigation, engineering, or resource management purposes.
https://en.wikipedia.org/wiki/Surveying